Missionsfondens formål er at støtte evangelisk kristent missionsarbejde af almennyttig art i både ind- og udland samt at udgive bladet Missions-Nyt.
For at opfylde formålet, indsamler og modtager Missionsfonden penge i form af gaver og arv, som fondens bestyrelse uddeler til projekter, som fonden samarbejder med, og andre formål inden for fondens formål. Uddeling kan ske både uden eller efter ansøgning.
Fonden ledes af en ulønnet bestyrelse, der alene afgør, om et projekt er støtteværdigt, og hvor meget der skal uddeles i støtte.
Missionsfondens administration og udgivelse af Missions-Nyt varetages i det daglige af to deltidsansatte medarbejdere.
Administrationsomkostningerne holdes på et minimum og udgør sammen med udgifterne til udgivelse af Missions-Nyt ca. 10% af de modtagne midler.